Il museo possiede oltre 7000 reperti fossili di vari invertebrati e vertebrati del Quaternario siciliano, appartenenti alla “Collezione paleontologica G. Insacco”.
Inoltre sono presenti un centinaio di minerali della zona, oltre a diverse migliaia di conchiglie, di insetti, una importante collezione di crostacei e pesci del Mediterraneo, vari rettili, centinaia di uccelli, mammiferi terrestri e marini naturalizzati, nonché diversi preparati osteologici